สิ่งมีชีวิตที่สามารถมองเห็นได้ด้วยกล้องจุลทรรศน์เท่านั้น จุลินทรีย์ ได้แก่ แบคทีเรีย โปรโตซัว สาหร่าย และเชื้อรา แม้ว่าไวรัสจะไม่ถือว่าเป็นสิ่งมีชีวิต แต่บางครั้งก็จัดเป็นจุลินทรีย์